我校作為第一完成單位獲得江蘇省科學技術(shù)獎10項。
　　我校被江蘇省教育廳授予“江蘇省科技工作先進高?！?。
　　基礎(chǔ)醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學被省教育廳遴選為國家一級學科重點學科培育建設(shè)點。
　　南京醫(yī)科大學管樂團在荷蘭2009年梵高國際音樂節(jié)獲一等獎。
　　我校獲第二屆全省高等學校學生教育管理創(chuàng)新獎一等獎1項，三等獎1項。學生教育管理優(yōu)秀論文2篇。
　　我校被教育部授予全國教育系統(tǒng) “祖國萬歲”歌詠活動高校優(yōu)秀組織獎，被中共江蘇省委教育工委和江蘇省教育廳授予江蘇省教育界慶祝新中國成立60周年 “我愛我的祖國”萬人歌詠大會優(yōu)秀組織獎。
　　基礎(chǔ)醫(yī)學院生物醫(yī)學工程系李開良、劉永康、崔燕南、成剛、肖富男、景生華獲全國大學生電子設(shè)計競賽江蘇賽區(qū)一等獎。
　　藥學院臨床藥學專業(yè)2005級學生夏杰獲第十一屆“挑戰(zhàn)杯”全國決賽二等獎。
　　口腔醫(yī)學院七年制專業(yè) 2007級學生徐萬林，基礎(chǔ)醫(yī)學院生物醫(yī)學工程專業(yè)2008級學生祁長紅、倪萍獲全國大學生數(shù)學建模競賽二等獎。
　　校紀委、監(jiān)察處被省委教育工委、省教育廳授予“全省教育紀檢監(jiān)察先進集體”；紀委辦副主任、監(jiān)察處副處長王興東被授予“全省教育紀檢監(jiān)察先進個人”。
　　《南京醫(yī)科大學報》被江蘇省教育廳評為省高校優(yōu)秀校報。校報編輯室被評為江蘇省高?！靶蠊ぷ飨冗M集體”，編輯室主任蔡心軼被評為“校報工作先進個人”。
　　口腔醫(yī)學院分黨委“以醫(yī)院文化建設(shè)為載體加強黨的先進性建設(shè)”申報項目被省委教育工委評為“高校黨建工作創(chuàng)新獎”。
　　心理健康教育與研究中心副主任鄭愛明被共青團江蘇省委授予“江蘇省新長征突擊手”。
　　口腔醫(yī)學院七年制專業(yè)2005級學生張玉超被共青團江蘇省委授予“江蘇省優(yōu)秀共青團員”。