1989年， 建成廈門水產(chǎn)學(xué)院新校區(qū)。

1998年7月6日， 集美大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院劃轉(zhuǎn)福建省管理協(xié)書簽字儀式舉行。

2011年， 陳昌生教授的 《壇紫菜新品種選育、 推廣及深加工技術(shù)》 獲國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng) （排名第二） 。

2013年， 王藝?yán)诮淌诤驼n題組老師參加第8屆世界華人蝦蟹養(yǎng)殖研討會(huì)。

我校水產(chǎn)學(xué)院王志勇教授帶領(lǐng)的 “水產(chǎn)動(dòng)物遺傳育種” 團(tuán)隊(duì)入選2018年省級(jí)博士生導(dǎo)師團(tuán)隊(duì)。

　　1978年中國改革開放，第二年，于1972年由上海水產(chǎn)學(xué)院南遷廈門而成立的廈門水產(chǎn)學(xué)院大部分回遷上海復(fù)辦上海水產(chǎn)學(xué)院，另外保留一小部分續(xù)辦廈門水產(chǎn)學(xué)院。
　　續(xù)辦的廈門水產(chǎn)學(xué)院海洋漁業(yè)系（簡稱海漁系）從1981年開始招收第一批海水養(yǎng)殖專業(yè)本科生，學(xué)生數(shù)僅30名。由于原有水產(chǎn)養(yǎng)殖系的大部分教師、設(shè)備、圖書等均已回遷上海，水產(chǎn)養(yǎng)殖專業(yè)無法獨(dú)立設(shè)系，不得已與有同樣困難的海漁系合并為一個(gè)系。學(xué)院設(shè)備非常簡陋，師資不足，從各高校招收相關(guān)本科才剛剛畢業(yè)的學(xué)生來校任教。
　　1985年7月我從廈門大學(xué)生物系畢業(yè)分配到海漁系工作。1987年海漁系更名為水產(chǎn)養(yǎng)殖系并開始招收海水養(yǎng)殖和淡水漁業(yè)兩個(gè)專業(yè)各一個(gè)班，招生數(shù)為50人。這種兩個(gè)專業(yè)各招收一個(gè)班，每個(gè)班不超過30人的本科辦學(xué)方式一直持續(xù)到1997年。1998 年開始擴(kuò)大招生規(guī)模，兩個(gè)專業(yè)各招收 2 個(gè)班。1999年起，為讓學(xué)生能學(xué)到更多的知識(shí)，有更廣闊的就業(yè)前景，不再分海水養(yǎng)殖和淡水漁業(yè)專業(yè)招生，僅招收水產(chǎn)養(yǎng)殖專業(yè)，共4個(gè)班，每個(gè)班保持30 人左右。至此本科水產(chǎn)養(yǎng)殖專業(yè)不再擴(kuò)大規(guī)模。在水產(chǎn)養(yǎng)殖本科的辦學(xué)過程中，水產(chǎn)學(xué)院培育了一大批在科研和生產(chǎn)第一線的技術(shù)骨干，為我國水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展做出了貢獻(xiàn)。
　　但學(xué)院的領(lǐng)導(dǎo)和教師們都意識(shí)到僅僅停留在本科辦學(xué)層次，既無法辦成特色，也無法進(jìn)一步提高教學(xué)質(zhì)量、提高學(xué)校的綜合實(shí)力和競爭力。水產(chǎn)養(yǎng)殖專業(yè)80年代本科辦學(xué)剛剛走上正軌，辦學(xué)規(guī)模小，師資隊(duì)伍中有碩士研究生學(xué)歷的寥寥無幾，達(dá)不到招收研究生資格的要求。在此形勢(shì)下學(xué)院開始招聘一些研究生來學(xué)院工作，學(xué)院也開始鼓勵(lì)青年老師參加全國碩士生考試，在職攻讀研究生學(xué)位的政策。得益于政策，我于1988年考入廈門大學(xué)攻讀海洋生物學(xué)碩士學(xué)位，1991年畢業(yè)。1994年再次考入廈門大學(xué)攻讀海洋生物學(xué)博士學(xué)位，1997年畢業(yè)。當(dāng)時(shí)的工作和生活都非常辛苦，每周要幾次往返于廈大和集美，既當(dāng)老師又當(dāng)學(xué)生。90年代末水院的師資水平有所提高，在整個(gè)集美學(xué)村位于前列。
　　90年代全國高校開始新一輪的體制改革。一些小的院校開始合并以實(shí)現(xiàn)資源重組。原來集美學(xué)村的5所院校也提出合并為集美大學(xué)。在這5所院校中，水產(chǎn)學(xué)院是唯一的具有學(xué)士授予權(quán)的學(xué)院，更是唯一承擔(dān)過國家級(jí)科研項(xiàng)目的學(xué)院。這些給水產(chǎn)學(xué)院的進(jìn)一步發(fā)展和招收研究生帶來了希望。
　　1994年10月集美大學(xué)獲批組建，2002年9月集美大學(xué)本科教學(xué)通過了教育部本科教學(xué)評(píng)估。隨即集美大學(xué)加大學(xué)科建設(shè)力度，正式啟動(dòng)申報(bào)碩士點(diǎn)的工作，努力爭取實(shí)現(xiàn)研究生教育“零”的突破。水產(chǎn)學(xué)科當(dāng)初是福建省和集美大學(xué)重點(diǎn)建設(shè)的學(xué)科，也是集美大學(xué)最具特色的學(xué)科之一，最有資格申報(bào)碩士點(diǎn)。申報(bào)的具體工作由我牽頭負(fù)責(zé)。2003年在許多領(lǐng)導(dǎo)、老師的配合和努力下，學(xué)院以100分滿分獲準(zhǔn)設(shè)立水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)碩士點(diǎn)，2004年開始招收碩士研究生。第一屆共有6位老師獲得招生資格，共招收12名研究生。之后的6年，導(dǎo)師和研究生數(shù)量都逐漸增加。2007年學(xué)院申報(bào)農(nóng)業(yè)推廣碩士專業(yè)學(xué)位（漁業(yè)領(lǐng)域）獲得國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)。
　　研究生教育從此翻開了新的一頁，有力地拓展了學(xué)校的發(fā)展空間，提升了學(xué)校的辦學(xué)實(shí)力，實(shí)現(xiàn)了集美大學(xué)辦學(xué)層次的重大跨越，在集美學(xué)村90年的辦學(xué)歷史上是一個(gè)標(biāo)志性的進(jìn)步。
　　博士點(diǎn)的設(shè)立標(biāo)志著一所大學(xué)的辦學(xué)實(shí)力和辦學(xué)水平。圍繞國家重大需求和區(qū)域經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展的需要，地方高校發(fā)展博士點(diǎn)具有重要的意義。2008年，國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)啟動(dòng)2008-2015年新增
博士、碩士學(xué)位授予單位立項(xiàng)建設(shè)。立項(xiàng)建設(shè)規(guī)劃工作有嚴(yán)格的名額限制，新增博士學(xué)位授予單位立項(xiàng)建設(shè)博士點(diǎn)申報(bào)過程中，教授數(shù)量、碩士研究生培養(yǎng)年限和經(jīng)驗(yàn)、科研經(jīng)費(fèi)、學(xué)術(shù)業(yè)績等都有硬性規(guī)定。2009年，時(shí)任集美大學(xué)校長的辜建德教授帶領(lǐng)我們申報(bào)答辯團(tuán)隊(duì)在廈門大學(xué)與漳州師院競爭2008-2015年福建省唯一的新增博士學(xué)位授予單位立項(xiàng)建設(shè)資格，我們以一票的微弱優(yōu)勢(shì)勝出，水產(chǎn)學(xué)科終于作為博士授權(quán)學(xué)科進(jìn)行立項(xiàng)建設(shè)。在這期間，2010年學(xué)校開始組織學(xué)院申報(bào)水產(chǎn)學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，2011年順利通過專家和國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)。2012年起學(xué)院開始以一級(jí)學(xué)科水產(chǎn)學(xué)招收碩士生，至此碩士研究生的培養(yǎng)體系全面建立，為博士學(xué)位點(diǎn)的建設(shè)提供了重要的保障。
　　博士學(xué)位授予單位立項(xiàng)建設(shè)是一個(gè)艱辛的過程，雖然我們已經(jīng)開始招收一級(jí)學(xué)科專業(yè)的學(xué)生，但是從硬件到軟件學(xué)院離博士招收資格還有很多的問題需要解決。張雅芝院長帶隊(duì)拜訪了國內(nèi)所有具有水產(chǎn)學(xué)博士點(diǎn)的單位，向他們?nèi)〗?jīng)學(xué)習(xí)；也到和我們一起進(jìn)行博士點(diǎn)建設(shè)的廣東海洋大學(xué)交流學(xué)習(xí)。在硬件建設(shè)方面，學(xué)校高度重視，將水產(chǎn)學(xué)院圖書館作為水產(chǎn)科技樓進(jìn)行改造，學(xué)院按博士立項(xiàng)建設(shè)的學(xué)科方向進(jìn)行空間重新布局。同時(shí)投入2000多萬購買最新儀器設(shè)備。在軟件建設(shè)方面，通過引進(jìn)“雙聘院士”、閩江學(xué)者、優(yōu)秀博士畢業(yè)生來加強(qiáng)學(xué)科建設(shè)，凝練學(xué)科研究方向。在博士點(diǎn)建設(shè)期間，我院的教師積極申報(bào)各級(jí)各類項(xiàng)目，科研項(xiàng)目的級(jí)別、經(jīng)費(fèi)、數(shù)量都得到了大幅度提高。同時(shí)通過舉辦幾場全國性的學(xué)術(shù)年會(huì)擴(kuò)大了水產(chǎn)學(xué)院在全國的知名度，加強(qiáng)了與水產(chǎn)同行的交流和合作。2013年1月31日，我校迎來了集美大學(xué)立項(xiàng)建設(shè)博士學(xué)位授予單位整體驗(yàn)收，經(jīng)過學(xué)校整體建設(shè)情況材料審查及實(shí)地考察學(xué)校建設(shè)情況，專家組一致認(rèn)為我院水產(chǎn)學(xué)科在博士點(diǎn)建設(shè)期間得到了大幅度提升，同意作為新增博士學(xué)位授予點(diǎn)。
　　至2014年，我校水產(chǎn)學(xué)一級(jí)學(xué)科有了一支具有創(chuàng)新精神、結(jié)構(gòu)合理的學(xué)科隊(duì)伍，其中教授20人，博士51人，博士生導(dǎo)師8人，擁有3個(gè)省級(jí)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。擁有鰻鱺現(xiàn)代產(chǎn)業(yè)技術(shù)教育部工程研究中心和農(nóng)業(yè)部東海海水健康養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等多個(gè)學(xué)科平臺(tái)，有3000多萬裝備精良的儀器設(shè)備。學(xué)院主持國家863計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金等國家級(jí)項(xiàng)目50多項(xiàng)，近5年項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)達(dá)8000多萬元。教師獲國家科技進(jìn)步獎(jiǎng)和省級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)10多項(xiàng)；發(fā)表論文500多篇，其中SCI、EI收錄130多篇；獲國家授權(quán)發(fā)明專利20多項(xiàng)。這些成果在我國水產(chǎn)領(lǐng)域的研究中具有較高的影響力，許多科研工作處于國內(nèi)前列，研究對(duì)象和研究內(nèi)容具有明顯的區(qū)域特色，為福建省的水產(chǎn)業(yè)發(fā)展做出了重要貢獻(xiàn)。整體學(xué)術(shù)水平、科研實(shí)力和經(jīng)費(fèi)均可保障博士后研究項(xiàng)目具有理論或技術(shù)創(chuàng)新性。盡管我院博士招收剛剛開始，尚未有博士畢業(yè)生，但根據(jù)需要和現(xiàn)有基礎(chǔ)，我建議學(xué)院嘗試申報(bào)博士后科研流動(dòng)站。經(jīng)過學(xué)院和學(xué)校的共同努力，2014年9月申請(qǐng)得到了人力資源和社會(huì)保障部的批準(zhǔn)，這是我校獲批設(shè)立的首個(gè)博士后科研流動(dòng)站。至此，從本科到博士后的完整水產(chǎn)學(xué)科培養(yǎng)體系在集美大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院畫上了完美的句號(hào)。在2018年年底，我們已經(jīng)有博士生畢業(yè)和博士后出站，證明了我們具有培養(yǎng)高層次人才的能力。
　　2018年是改革開放走過的40周年。在這40年里，集美學(xué)村的高等教育從主要培養(yǎng)中專、專科和少數(shù)本科生的5所小院校，到建成一所包含本科、碩士、博士到博士后，所培養(yǎng)的高水平人才在國際國內(nèi)都有一定影響力的大學(xué)，是改革開放成果的體現(xiàn)。作為幾乎全程參與了這個(gè)過程的水產(chǎn)養(yǎng)殖專業(yè)教師，我深感榮幸。集美大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院水產(chǎn)養(yǎng)殖專業(yè)，還要在現(xiàn)有基礎(chǔ)上進(jìn)一步努力，實(shí)現(xiàn)新的飛躍。