1938年，日寇轟炸西安，并有渡河進(jìn)犯西安的動(dòng)向。3月，學(xué)校再次由西安西遷甘肅天水。當(dāng)時(shí)，隴海鐵路剛通至寶雞，公路運(yùn)輸力量又極其薄弱，全校師生均自隴海鐵路虢鎮(zhèn)站起，長途跋涉，徒步經(jīng)鳳翔、汧陽、隴縣、固關(guān)，翻越關(guān)山，經(jīng)馬鹿鎮(zhèn)、清水抵達(dá)天水，全程500余里。在遷校過程中，全校師生“峽谷寒風(fēng)，隴州暮雨；關(guān)山曉月，驛路晨霜；山泉冷飲，冰河盥漱；行歌道山，談笑峰巔”，終于化艱險(xiǎn)為坦途，完成遷校任務(wù)。以天水南郊中山公園水月寺為臨時(shí)校舍，恢復(fù)上課。7月，在抗日戰(zhàn)爭一周年紀(jì)念大會(huì)上，師生們演出抗日救亡話劇，會(huì)場高懸“焦土抗戰(zhàn)，最后勝利屬于我；工程建設(shè)，當(dāng)前責(zé)任不讓人”的楹聯(lián)，充分體現(xiàn)學(xué)校師生同仇敵愾、抗戰(zhàn)建國的豪邁氣概。當(dāng)年暑假，學(xué)校采礦冶金系和土木工程系25名學(xué)生在天水畢業(yè)。
　　同年7月，國民政府教育部為集中師資和設(shè)備，鞏固和發(fā)展后方工程教育，決定將焦作工學(xué)院與當(dāng)時(shí)的國立西北聯(lián)合大學(xué)工學(xué)院（由國立北洋工學(xué)院和北平大學(xué)工學(xué)院組成）、國立東北大學(xué)工學(xué)院合并改組，成立國立西北工學(xué)院。1938年11月，學(xué)校師生及眷屬146人在張清漣院長的率領(lǐng)下，運(yùn)載約160噸圖書、資料及儀器設(shè)備，從甘肅天水乘汽車前往陜南城固古路壩復(fù)課。孫越崎后來回憶說：由于焦作工學(xué)院是完整西遷的，圖書和教學(xué)用具、實(shí)驗(yàn)設(shè)備齊全，為成立西北工學(xué)院創(chuàng)造了條件。在那國難深重的艱苦年代，學(xué)校以海納百川的博大胸懷，傾其所有，以雄厚的師資、豐富的辦學(xué)經(jīng)驗(yàn)和優(yōu)良的辦學(xué)傳統(tǒng)，全力支撐起西北惟一的高等工程學(xué)府，開啟我國西北高等工程教育的先河，成為抗日戰(zhàn)爭時(shí)期以至后來國家培養(yǎng)高等工程技術(shù)人才的重要基地，鞏固和發(fā)展了抗戰(zhàn)后方的高等教育。這一時(shí)期，原焦作工學(xué)院八個(gè)班的學(xué)生共97人，分別于1939年、1940年、1941年、1942年畢業(yè)于西北工學(xué)院，為抗戰(zhàn)后方新興的工礦、交通業(yè)輸送了一批高級(jí)專業(yè)人才，成為甘肅玉門油礦的開拓者和各大煤礦的中堅(jiān)。
　　1945年，抗戰(zhàn)勝利后，學(xué)校校董和畢業(yè)同學(xué)立即成立復(fù)校委員會(huì)，于8月31日向國民政府教育部呈送焦作工學(xué)院復(fù)校報(bào)告，原院長張清漣和學(xué)校師生紛紛為復(fù)校積極奔走。1946年7月26日，經(jīng)國民政府教育部和河南省政府批準(zhǔn)與撥款，私立焦作工學(xué)院在河南洛陽關(guān)林復(fù)校，張清漣復(fù)任院長，并分期收回合并于西北工學(xué)院的部分圖書、儀器。時(shí)設(shè)采礦工程學(xué)系、冶金工程學(xué)系、機(jī)械工程學(xué)系及先修班，當(dāng)年招生137人。院長張清漣在復(fù)校紀(jì)念大會(huì)上動(dòng)情地回顧學(xué)校所走過的艱辛道路，號(hào)召師生“提起精神，創(chuàng)造青出于藍(lán)的新牌子，建設(shè)新焦工”。復(fù)校后，教職工都懷著同舟共濟(jì)、努力進(jìn)取的精神，學(xué)生更是心系報(bào)國強(qiáng)國志向，潛心學(xué)業(yè)，學(xué)校上下充滿活力。然而，國民黨反動(dòng)派悍然發(fā)動(dòng)反共反人民內(nèi)戰(zhàn)，并推行法西斯統(tǒng)治，學(xué)校師生無不為國家及學(xué)校的前途深感憂慮。1946年12月，全校師生積極響應(yīng)北平學(xué)生發(fā)動(dòng)的抗議美軍士兵強(qiáng)暴北大女生沈崇的“抗暴”運(yùn)動(dòng)，抗議美軍暴行。1947年，機(jī)械系合并于西北工學(xué)院，隨后學(xué)校遷至鄭州，租得河陽街災(zāi)童教養(yǎng)院作為臨時(shí)校址。在辦學(xué)條件極端艱難的條件下，采礦、冶金兩系繼續(xù)招生，全校有3個(gè)班，學(xué)生近200人。
　　1948年，人民解放軍挺進(jìn)中原。南京國民政府強(qiáng)令學(xué)校遷至江蘇蘇州，以平江路積谷倉為臨時(shí)校舍。到蘇州后，采礦、冶金兩系又招兩個(gè)班學(xué)生共140余人，另招預(yù)科生30余人。此時(shí)，學(xué)校三年三次遷址，經(jīng)費(fèi)極度困難，學(xué)校師生高擎戰(zhàn)斗的旗幟，喊出了“要生存，要吃飯”的口號(hào)，100多名師生舉行反饑餓、反迫害示威，到蘇州縣政府要糧，并和武裝警察發(fā)生沖突。經(jīng)過不懈抗?fàn)?，終于打開蘇州糧倉，取得勝利。一批進(jìn)步愛國學(xué)生先后沖破國民黨反動(dòng)派的封鎖線，奔向解放區(qū)，參加了埋葬蔣家王朝的戰(zhàn)斗。1949年4月，人民解放軍百萬雄師橫渡長江一舉解放南京，宣告國民黨反動(dòng)統(tǒng)治的覆滅。解放大軍的隆隆炮聲如同陣陣春雷，震撼著古城蘇州。為防止國民黨特務(wù)破壞學(xué)校，迫害進(jìn)步學(xué)生，學(xué)校學(xué)生自治會(huì)自發(fā)組織開展護(hù)?；顒?dòng)，迎接解放。4月27日，蘇州解放。學(xué)校師生載歌載舞歡迎人民解放軍的到來。蘇州解放后，華東人民政府正式接收學(xué)校，并確定校名為國立焦作工學(xué)院。學(xué)校歷史從此翻開嶄新的一頁。